In Deutschland wurde Mitte April 2009 von der Landwirtschaftsministerin Ilse Aigner (CSU) die EU-Schutzklausel verhängt. Dadurch wurde deutschlandweit der Anbau der einzigen zu der Zeit in der EU im kommerziellen Anbau genutzten gentechnisch veränderten Maissorte MON 810 der Firma Monsanto verboten. Auch das entsprechende Saatgut durfte nicht mehr verkauft werden. Begründet hat Frau Aigner dieses Verbot unter anderem damit, „dass es berechtigten Grund zu der Annahme gibt, dass der genetisch veränderte Mais der Linie MON 810 eine Gefahr für die Umwelt darstellt“ Dieses Verbot hat seitdem Bestand.
Vor dem Verbot im Jahr 2008 wurden in Deutschland gentechnisch veränderter Mais noch an 200 Standorten auf einer Fläche von ca. 3.170 ha angebaut. Dies entsprach etwa 0,15 % der Gesamtanbaufläche für Mais und etwa 0,019 % der gesamten landwirtschaftlichen Nutzfl
äche in Deutschland. Zu über 99 % fand der Anbau in den neuen Bundesländern statt. Hier bei uns in Hessen gab es bereits 2008 keinen kommerziellen Anbau von GVO mehr.
Im März 2010 wurde die gentechnisch veränderte Stärkekartoffel Amflora der Firma BASF von der EU-Kommission zum Anbau zugelassen. Sie war in erster Linie zur Gewinnung von Industriestärke vorgesehen und wurde 2010 in drei europäischen Ländern angebaut (Deutschland 15 ha, Tschechien ca. 150 ha, Schweden ca. 80 ha). Im Jahr 2011 ging der Anbau schon wieder deutlich zurück. Die Kartoffel war unter anderem umstritten, weil ihr ein Antibiotikaresistenzgen als Markergen eingebaut wurde, was laut EU-Freisetzungsrichtlinie einem Anbau eigentlich generell entgegenstünde. Des Weiteren sollten die Abfälle als Futtermittel und eine Verunreinigung von 0,9 % in Lebensmitteln zugelassen werden. Auch gab es für die Amflora zwei aus konventioneller Züchtung entstandene Alternativen und die großen deutschen Stärkeproduzenten lehnten eine Verarbeitung der Amflora ab. Anfang 2012 wurde die weitere Vermarktung in der EU von der BASF wegen fehlender Akzeptanz von Verbrauchern und Landwirten eingestellt. Im Dezember 2013 folgte dann das Anbauverbot vom EU-Gerichtshof, begründet mit Verfahrensfehlern der EU-Kommission.
Seit 2013 werden in Deutschland auch keine Freilandversuche (Freisetzung) mit gentechnisch veränderten Pflanzen mehr durchgeführt.